Sejak berdiri, kampus yang bernaung dibawah Kemenag RI ini telah mengalami pergantian rektor selama 14 kali.
BACA JUGA:Selain SKB CAT, Peserta Seleksi CPNS Kemenag Sumsel juga akan Mengikuti SKB non-CAT, ini Maksudnya
BACA JUGA:Guru Madrasah Non ASN Bakal Dapat Jamsostek, Berikut Syaratnya Menurut Kemenag RI
Nama-nama Rektor UIN Raden Fatah Palembang sejak 1964-2024, yaitu:
1. Tahun 1964-1965 Prof KH Ibrahim Hoesen, LMI
2. Tahun 1965-1966 KH Ahmad Sajari
3. Tahun 1966-1967 Brigjen H Abu Yazid Bustami
4. Tahun 1967-1972 Prof KH Zainal Abidin Fikri
5. Tahun 1972-1975 H Isa Sarul, MA
6. Care Taker Rektor tahun 1975 Brigjen H Asnawi Mangku Alam
7. Tahun 1976-1984 Prof H Zainal Abidin
8. Tahun 1984-1994 Drs Usman Said
9. Tahun 1994-1998 Drs Moh Said, MA
10. Tahun 1999-2003 Prof Dr H Jalaluddin
11. Tahun 2003-2007 Prof Dr H J Suyuthi Pulungan, MA
12. Tahun 2007-2015 Prof Dr H Aflatun Muchtar, MA